Havneutbygginga på Melbu startet opp i midten av august 2006 og er beregnet fullført høsten 2007. Det skal bygges ny innseiling til havna på østsiden av Neptun – Norsk Fiskeindustrimuseum, og dagens seilåpning på vestsiden skal fylles igjen.

For museet betyr det at i perioden mars – august 2007 vil museet være uten veiforbindelse, og transporten til og fra Neptun må foregå med båt. Dette blir en ekstra utfordring i forbindelse med å motta publikumsbesøk. Når anleggsarbeidene er fullført, vil museet få bedre veiforbindelse enn i dag, og parkeringsarealene vil bli betraktelig større.

Anleggstrafikken skaper noen problemer for driften av museet, men det er etablert et godt samarbeid med utbyggerne, og alle parter er innstilt på at museums- og anleggsdrift skal gå best mulig sammen uten større problemer